Art. 407. As exceções serão processadas em apartado, nos termos dos arts. 95 a 112 deste Código. (Redação dada pela Lei nº 11.689, de 2008)
As exceções são meios de defesas indiretas sem adentrar no mérito por exemplo suspeição, incompetência de juízo, litispendência, ilegitimidade de parte e coisa julgada com finalidade de resolver questão judicial deve ser apresentada pela defesa em apartado em fase de resposta escrita e para acusação na primeira oportunidade de manifestação nos autos. A regulamentação encontra-se no artigo 95 e seguintes.